La ciudad de Soria se mantuvo —seguramente de forma continuada— bajo dominio musulmán hasta principios del siglo XII, cuando el rey aragonés Alfonso I el Batallador reorganizó los territorios de Soria, Berlanga y Almazán, seguramente entre los años 1114 y 1119 tras conquistar los territorios de la antigua taifa de Zaragoza en 1118 (que previamente, en el 1110 había sido ocupada por los almorávides). Según los Anales Compostelanos: «Era MCLVII populavit rex Aldefonsus Soriam», es decir, en la era 1157, el año 1119.

Apenas existen datos sobre Soria en esta época ni tampoco evidencias arqueológicas. El punto importante de la zona seguía siendo Garray, la localidad sucesora de la antigua Numancia, y su área geográfica quedaría pronto integrada bajo el dominio de la ciudad de Medinaceli, bastión militar omeya. Pero es posible suponer que en el Cerro del Castillo existiera algún tipo de fortificación que controlaba el paso del río Duero, parte del sistema fronterizo que seguía por Almazán hasta la importante fortaleza de Gormaz, confín con las tierras castellanas.

La rebelión de Soria contra Muhammad I (869)

La primera mención histórica de Soria procede del siglo IX. Según el historiador árabe Ibn Idhari del siglo XIV, en el año 255 de la hégira (20 de diciembre 868 – 12 de diciembre 869), el príncipe ‘Abd al-Rahmán, en nombre de su padre el emir Muhammad I, acudió a sofocar la rebelión de Madinat Surya encabezada por su caid Sulaymán ben Abdús. ‘Abd al-Rahmán sitió la ciudad y tras lograr crear una brecha en sus murallas, sus habitantes entregaron a Sulaymán, quien fue llevado prisionero a Córdoba.

La cita ha provocado no pocas controversias debido sobre todo a que es la única existente entre el siglo VIII y el siglo XII sobre dicha ciudad. Algunos estudiosos consideran que se trata de un error de transcripción y que se podía estar refiriendo a la ciudad de Suriya (Zorita de los Canes).

La zona de la ciudad de Soria entre los siglos IX y XII

A comienzos del siglo X Castilla y Pamplona presionan los dominios musulmanes del Duero. El condado de Castilla llega en el 912 hasta San Esteban de Gormaz. Poco después, tras la conquista de parte de la actual La Rioja, García Sánchez I de Pamplona amplió su territorio hacia el Sur, más allá de la Sierra, pasando Yanguas alcanzó Garray. Un documento del 5 de septiembre del 927 dona a San Millán la iglesia de Santa María de Tera cerca de Garrahe. Garray se mantuvo como posesión del reino de Pamplona desde entonces.

En el trazado de límites entre Sancho III de Pamplona y el conde Sancho García de Castilla (1016) se cita a Garray como perteneciente al reino de Pamplona y cercano a una antigua ciudad desierta (Numancia): «…et usque ad flumen Tera, ibi est Garrahe antiqua civitate deserta, et ad flumen Duero…».  En algún momento entre los años 1068 y 1076 Garray pasó a manos de Alfonso VI de Castilla.

Por otro lado, tras la muerte de los hijos de Almanzor y el derrumbe del califato, la mayoría de las fortalezas musulmanas del Duero pasaron a  manos del conde Sancho García de Castilla (1011). Aunque Soria no se nombra entre ellas, algunos estudiosos apuntan a que puede que fuera una de ellas. No es posible afirmarlo con certeza. Incluso es posible que muchas de ellas no pasaran a dominio cristiano efectivamente hasta la época de Fernando I de León, ya en torno al año 1060. No existe ningún documento o hecho histórico que justifiquen la hipótesis de que el conde Fernán González conquistará la ciudad bajo su gobierno. Es un especulación sin fundamento.

En nuestra opinión Soria se mantuvo como fortaleza perteneciente a la taifa de Zaragoza entre los años 1018 y 1110, punto fronterizo con el condado de Castilla y el reino de Pamplona. Por eso sólo cuando la taifa de Zaragoza bajo la cae bajo la presión del reino aragonés abandonará su condición de ciudad musulmana, y lo hará bajo el conquistador de Zaragoza: Alfonso I el Batallador de Aragón.