La actual iglesia de Nuestra Señora de la Virgen del Puerto de Santoña se ubica donde estuvo uno de los monasterios más antiguos de toda la actual Cantabria: el monasterio benedictino de Santa María del Puerto.

Puerto era como se llamaba en esa época la actual Santoña. Del monasterio, que puede que fuera establecido en época visigoda, tenemos una primera mención documental en el año 836, aunque su cartulario comienza el 18 de enero del 863.

En unas excavaciones realizadas junto a la iglesia de Santa María del Puerto en la década de los años 80 del siglo XX se localizaron materiales que prueban la existencia de un asentamiento de época romana, entre los siglos I y IV. Se encontraron monedas, cerámica común, anzuelos, fragmentos de terra sigillata, teselas de mosaico y fragmentos de estuco pintado.

En el mismo paraje se localizaron evidencias de una necrópolis medieval: enterramientos en lajas, en fosa o con piedras circundantes.

En la actualidad no son visibles salvo algún resto situado como decoración en los alrededores de la iglesia.

Necrópolis de Santa María del Puerto (Santoña)
Necrópolis de Santa María del Puerto (Santoña)