El establecimiento de un obispado en el pueblo de Gamonal, a unos 4 km. al este de la ciudad de Burgos (ciudad de la que hoy en día es un barrio), fue simplemente un paso intermedio en el proceso que entre 1066 y 1085 acabó trasladando la sede episcopal de Oca a Burgos.
Fernando I y su hijo Sancho II habían logrado recuperar para Castilla las tierras de La Bureba, Belorado y Montes de Oca así como la sede episcopal de Oca. Fue el obispo Simón, Simeón o Jimeno II quien asumió el cargo al menos desde el año 1064.
Pero será Alfonso VI quién dará el paso definitivo para que el obispado se trasladara desde Oca primero a Gamonal y luego a Burgos. El municipio de Gamonal se conocía en el siglo XI como Santa María de Gamonal y Fernando I incluyó su iglesia en el Real Patronato y la legó a sus hijas Urraca y Elvira.
El 8 de julio de 1074 el obispo Jimeno II recibió de las infantas, hermanas de Alfonso VI quienes en ese año ya residían en Burgos, la iglesia de Santa María de Gamonal y su villa, junto varios molinos en el río Arlanzón y los monasterios de Santa María del Valle (luego Fredesval) y de San Pedro del Campo en el alfoz de Treviño con el fin de “ut aedificetur ecclesia episcopalis cathedrae, quae sit mater totius Dioecesis Castellae””, es decir, edificar una sede episcopal que fuera la matriz de las sedes de toda Castilla.1 Justifican la decisión porque la sede de Auca había sido destruida por los sarracenos. Coincidía esto con el nombramiento en Roma de Jimeno II como obispo y la aprobación del traslado del obispado de Oca.2
Pero el objetivo final de Alfonso VI era trasladar la sede de Oca a Burgos. Y eso es lo que dispuso en el año 1075. Aunque primero confirmó, en una carta redactada en Castrojeriz, el traslado a Gamonal (“…elegi in loco abto secundo miliario ab urbe Burgensi, in villa que dicitur Gamonar, ecclesia que dudum ibi fuerat consecrata in honore sancte Dei genitricis Marie innovare, et episcopalem catedram in vice Aucensis sedis ibi firmare, ut iuxta decreta canonum mater ecclesiarum diócesis Castelle iure vocetur…”) concediéndole numerosas propiedades. Ese mismo año Alfonso VI traslada la iglesia catedral a la iglesia contigua a su palacio, que él edifica y está dentro de la ciudad de Burgos; le otorga todas las iglesias de Burgos; confirma las concedidas en la escritura anterior, y concede a la sede y a sus canónigos especiales prerrogativas.3
La causa de la elección de Burgos por el monarca ha de buscarse en la condición previa de centro político, administrativo y económico que había adquirido en la región. El propio rey intercambió con obispo Simón numerosas propiedades y derechos entre los años 1075 y 1077. Y también el obispo lo hizo con el abad de Oña (1077), en un intento de reorganizar sus dominios episcopales y ampliarlos.4
La nueva sede episcopal recibió también donaciones de nobles. El 18 de febrero de 1078 recibió una donación de García y su mujer Elduara, entregado al obispo Simón varias propiedades indicando “omnia concedimus predicto monasterio, id est, Sancte Marie de Gamonare”, lo cual indica que en esa época el obispo aún residía en Gamonal.5
El 25 de diciembre de 1081 Alfonso VI decide impulsar la sede física en la ciudad de Burgos y concede al obispo Simón el palacio que fue de Fernando I, y la iglesia contigua de Santa María, que él edifica dentro de la ciudad de Burgos, para que en ella se establezca la sede episcopal con su cabildo catedralicio. Luego parece que a fines del 1081 el cabildo aún permanece en Gamonal a la espera de tener un lugar digno en la capital.6
El traslado definitivo es posible que se hiciera ya en el 1082, justo el año en el que fallece el obispo Jimeno o Simón y es sucedido por el obispo Gómez (1082-1097). Una donación del 25 de marzo de 1082 de los nobles Pedro Fernández y su esposa Muniadonna no hace ya ninguna referencia a Gamonal.7
La tradición de la Virgen de Gamonal
La tradición afirma que la imagen de la Virgen de Gamonal proviene del siglo X. Se cuenta que un pastorcillo, andando con sus ovejas, encontró entre los matojos una imagen de la Virgen María, e hizo llamar a sus amos y a los sacerdotes del lugar. Estos reverenciaron la imagen, escondida quizás por los cristianos que huían desde el sur hacia el norte ante la presión musulmana. Se acordó así alzar un templo para rendir culto a la Virgen.
La imagen que hoy en día se conserva en la Iglesia de Santa María la Real y Antigua de Gamonal es de época gótica. De la antigua iglesia románica de Gamonal no se conserva nada más que un capitel románico hallado en el relleno de las bóvedas del templo actual, levantado en el siglo XIV. Se conserva en la sacristía del templo.