Esta pequeña localidad burgalesa a orillas del río Duero hunde su orígenes, al menos los conocidos, en el siglo X.
El nombre actual surge de la fusión de tres núcleos de población: San Martín, Quintanilla y Rubiales que aún en el siglo XIII se citan por separado.
San Martín debió de ser ocupado por el conde Munio Núñez, partiendo desde su base en Castrojeriz, a la vez que repuebla la ciudad de Roa por mandato de García I en el año 912.
Parece que, en el cerro de Socastillo, se construyó una fortaleza para proteger un vado sobre el río Duero. Este será el castillo de San Martín, uno más de los baluartes que, junto con Haza, Roa y San Esteban de Gormaz, protegía el río Duero.
Tras su derrota en Simancas (939), el califa ʿAbd al-Raḥmān III devastó la comarca de San Martín de Rubiales (hisn Ribils), que atacó durante dos días, y la ciudad de Roa (madinat Rawda) para después dirigirse hacia San Esteban de Gormaz.
En un documento del 943 procedente de San Pedro de Cardeña, ya se cita al núcleo de Rubiales: «[…] iusta sierra de Montelio, id est, fontem quem nuncupant Aderata, in termino de Sacramenia, ex parte de Ordiales sicut discurrunt aquas ad Sacrameniam, et de bia Rubiales, et de alia parte quem dicunt Castro de Fratres […]».
El momento en que soportó una mayor presión fue durante la campaña de ʿAbd al-Malik, hijo de Almanzor, en el año 1007. Allí se produjo una cruenta batalla que acabó con la completa derrota castellana y la destrucción del castillo.
La frontera castellana sur está en ese momento completamente desmantelada y a merced de las tropas cordobesas. Es muy posible que San Martín, al igual que Osma, Roa, San Esteban de Gormaz y otras tantas fortalezas durienses, estuviera en manos musulmanas.
Pero, con el comienzo de la guerra por el poder en el califato (1009), las tornas cambian. El conde Sancho García de Castilla, a cambio de su ayuda al califa Sulaymān, logra un acuerdo para recibir todas las fortalezas perdidas en el valle del Duero (1011). San Martín volverá, bien ese año o poco después, a manos castellanas.