Como era de esperar Zamora, entre los siglos IX y XI fue el objetivo de numerosas incursiones y la localización de múltiples enfrentamientos, con multitud de víctimas, convirtiendo en un tanatorio Zamora. Instalada sobre el río Duero y bien fortificada, desde que el reino de León la incorporó a sus dominios en el siglo IX, Zamora fue la cabeza de puente del sistema defensivo que protegía el reino de las incursiones musulmanas por el tramo central de la cuenca del río Duero.
Tras ser abandonada en torno al 740 por los musulmanes, fue Alfonso III de Asturias quien, en el 893, incorporó Semura a sus dominios repoblándola con mozárabes toledanos. Según Isa b.n Ahmad al-Razi:
Dirigióse Alfonso hijo de Ordoño, rey de Galicia, a la ciudad de Zamora, la despoblada, y la construyó y la urbanizó, y la fortificó y pobló con cristianos, y restauró todos sus contornos. Sus constructores eran gente de Toledo, y sus defensas fueron erigidas a costa de un hombre agemí de entre ellos. Así, pues, desde aquel momento comenzó a florecer la ciudad, y sus poblados se fueron uniendo unos a otros, y las gentes de la frontera fueron a tomar sitio en ella.
El propio Alfonso III falleció en Zamora en el 910. Desde ese momento la plaza es visitada de forma asidua por otros reyes como Ramiro II u Ordoño III, quien también falleció en la ciudad en el 956. En febrero del 959, en el contexto del conflicto entre Sancho I y Ordoño IV, ʿAbd al-Raḥmān III envió una expedición en la que viajaba el propio Sancho. De camino a León, tomó la ciudad de Zamora.
Debido a su importancia, Zamora fue el objetivo principal de varias aceifas de Almanzor. Ya en la 6ª campaña (979), la segunda contra Ledesma, es posible que llegara a las inmediaciones de la ciudad. Pero fue en su 14ª campaña (981) cuando fue directamente contra la ciudad. Y de nuevo en su 21ª campaña (984), que acabó con la ciudad en manos de Almanzor. En el 986 la 25ª campaña se dirigió a Zamora, Salamanca y León, era la llamada Campaña de las Ciudades. Almanzor asedió y conquistó Zamora y continuó hacia León. También conquistó Salamanca y diversas plazas en el valle del Tormes. En el 988 la 30ª campaña se dirigió contra las ciudades de Zamora y Toro, entre abril y agosto. Zamora fue cercada y tuvo que capitular, consiguiendo un enorme botín y 40.000 cautivos.
Se sabe además que en el año 997, tras la 48ª campaña, contra Santiago de Compostela, que conquistó, Almanzor se hizo fuerte e incluso instauró guarniciones musulmanas permanentes en Zamora y Toro. A la muerte de Almanzor en el 1002 su hijo ʿAbd al-Malik siguió con las incursiones.
En el verano del 1005 ʿAbd al-Malik realizó una campaña contra el reino de León. Partió el 16 de julio con dirección a Toledo, donde acampó. Desde allí envió a Wadih con cinco mil caballeros hacia Zamora, que se hallaba en ruinas desde tiempos de Almanzor, y atacaron a las escasas tropas cristinas que había en las cercanías, devastando toda la comarca.
Tras la caída del califato en el 1009, Zamora ya no será el objetivo de incursiones musulmanas. Sin embargo, sí fue protagonista de un sonado enfrentamiento entre los hijos de Fernando I: Sancho II y Urraca.
Urraca, señora de Zamora se rebeló contra su hermano cuando este había desalojado a Alfonso VI del trono de León. En la ciudad se refugiaron muchos de los nobles leoneses enemistados con Sancho o no dispuestos a obedecer sus órdenes como nuevo rey de León. Esta sublevación en la ciudad del Duero supuso una abierta amenaza para Sancho. En pocos días reunió a su ejército y, a marchas forzadas, salvó la distancia que desde Burgos le separaba de la urbe rebelde. Como prueba de las escasas simpatías que despertaba su usurpación de la dignidad real leonesa, a su paso por Carrión de los Condes se le negó la entrada y cualquier tipo de ayuda para su hueste.
Durante el cerco de Zamora, un caballero llamado Vellido Adaúlfiz (Vellido Dolfos), vinculado por parentesco con Pedro Ansúrez y los Banu Gómez, fingió desertar y pasarse al servicio del castellano, con quien revisó las defensas que ceñían Zamora el 7 de octubre de 1072.
Aprovechando un descuido de Sancho, le apuñaló y huyó a la ciudad, donde fue acogido sin problemas, pues se documenta su existencia años después de este magnicidio. Sancho II acabó falleciendo en su campamento. Tanto el lugar del apuñalamiento como el del fallecimiento del rey están localizados por sendas cruces en la cuidad de Zamora.