El 18 de mayo del 995 el conde García Fernández había sido herido y apresado por los musulmanes entre las localidades de Langa y Alcozar, y murió el 29 de julio. Su sucesor único era su hijo, Sancho García, que además se encontraba en rebeldía contra su padre. La sucesión se realizó sin problema alguno, al menos no nos han llegado noticias contrarias a esta hipótesis.

Los primeros años de su gobierno están casi silenciados por la documentación. Las crónicas cristianas y musulmanas no lo mencionan hasta el año 1000. Y diplomas no apócrifos que han llegado hasta nuestros días son cuatro: tres del monasterio de San Pedro de Cardeña (23 de abril del 997, 22 de noviembre del 999 y 28 de agosto del 1000) y uno de Santillana del Mar (10 de diciembre del 998).

Lo único conocido es que pidió a Almanzor los restos de su padre para darles sepultura en el monasterio de San Pedro de Cardeña. Es posible que tuviera algún pacto con el propio Almanzor, que posiblemente le había apoyado durante su rebeldía, y por esa razón no sufrió ninguna aceifa hasta el año 1000.

Últimos años de reinado de Bermudo II (995-999)

El mismo año en que Sancho García comienza su gobierno, Almanzor realiza tres campañas contra territorios cristianos. La 44ª Campaña, llamada la de Batrisa, dirigida hacia un lugar desconocido, en la que murieron de sed setecientos hombres de su ejército.

La 45ª campaña también se dirigió contra el reino de León. En concreto contra San Román, en la que realizó una gran matanza y obtuvo muchos cautivos. Se trata del castillo y monasterio de San Román de Entrepeñas,  posesión de los Banu Gómez, la familia del condado de Saldaña y Carrión. En esta campaña en la que Almanzor conquista Santa María de Carrión, la sede del condado de Saldaña, la actual villa de Carrión de los Condes, y arrasa Saldaña, y obligó a conde García Gómez a personarse en Córdoba.

La 46ª campaña volvió a arremeter contra el reino de Bermudo II, en esta ocasión contra Aguiar, la actual Aguiar de Sousa, al sureste de Oporto. Almanzor conquistó la fortaleza y consiguió que le devolvieran a ‘Abd Allah ben ‘Abd al-Aziz Piedraseca, cómplice en la rebelión de su hijo ‘Abd Allah. La 47ª campaña, ya en el año 996, azotó Astorga, que fue conquistada y destruida e impuso tributo a Bermudo II. Y de nuevo, en el año 997, dirigió la 48ª campaña, una de las más conocidas. Se trata de la campaña contra Santiago de Compostela, que conquistó, devastando además gran parte de Galicia. Almanzor se hizo fuerte e incluso instauró guarniciones musulmanas permanentes en Zamora y Toro. Bermudo II se encuentra sometido a Almanzor y los nobles más poderosos del reino también se encuentran a bien con el hombre fuerte del emirato: los condes de Saldaña y de Castilla envían embajadas para rendir homenaje en Córdoba en octubre de ese mismo año.

Durante los años 998 y 999 Almanzor no realizó más campañas contra el reino de León, una muestra más de que la sumisión y los tributos se cumplían. En el 998 la 49º campaña fue hacia Algeciras para embarcarse hacia el norte de África. En el 999 las 50ª se dirigió contra el condado de Pallars y la 51ª contra Pamplona.

Bermudo II falleció un jueves del mes de septiembre del 999 en Villabuena del Bierzo. Le sucedió en el trono su hijo Alfonso V, un niño de entre tres y cinco años, bajo la tutela de su madre, Elvira García, hermana del conde castellano. En la unción del nuevo rey el 13 de octubre el conde de Castilla se encuentra en la ciudad de León y firma el documento como dux.

La batalla de Cervera (1000)

En el año 1000 se rompe el sistema de control que Almanzor tenía contra los gobernantes del reino leonés. Sancho García rompe la tregua y el resto de condes leones se agrupa para hacer frente al hombre fuerte cordobés.

En la primavera del año 1000 Almanzor prepara una campaña contra el conde castellano. Es posible que Sancho hubiera prestado ayuda al reino de Pamplona el año anterior, o que hubiera dejado de pagar el tributo. El 21 de junio partió de Córdoba en lo que será su 52ª Campaña, llamada la de Cervera, pues su punto culminante fue precisamente la batalla de Cervera. Desde Medinaceli rebasó el Duero, pasó por las fortalezas de Osma, San Esteban y Clunia, en manos musulmanas y se adentró en las tierras al norte de Clunia. Al llegar a Cervera, Almanzor fue sorprendido pues encontró las tropas reunidas desde Pamplona hasta Astorga y comandadas por el conde Sancho García.

El lugar donde se celebró el combate, las Peñas de Cervera, aislan la cuenca del río Arlanza al norte de Clunia y es atravesada por el desfiladero de la Yecla. En algún lugar elevado de esas montañas estaba instalado el campamento cristiano que iniciaron el combate de forma sorpresiva. llevando la ventaja al comienzo. Pero, según las fuentes musulmanas, a pesar del mal comienzo y de las pérdidas sufridas, al final la batalla cambió de signo y fue una victoria musulmana. La batalla de Cervera es una de las mejor descritas por parte de la historiografía andalusí.

Aún así fue la primera vez en que las tropas de Almanzor estuvieron a punto de ser derrotadas tras más de dos décadas de castigo militar. El camino de vuelta lo hizo pasando por Zaragoza y conquistando, el 4 de septiembre, el castillo de Kashtila (posiblemente Carcastillo) al reino de Pamplona. Regresó a Córdoba el 7 de octubre. Pero aún tuvo tiempo de hacer otra campaña, la 53ª, contra Montemayor, actual Montemor-o-Velho, junto al río Mondego que logró conquistar.

Esta batalla marca un cambio en la actitud de los condes del reino de León frente a Almanzor.

Los últimos años de Almanzor (1000 -1002)

Las diplomas de época de Sancho García siguen siendo parcos. Durante el año 1000 sólo se conoce uno: una profesión de fe de un tal Adelmiro que realiza donaciones al monasterio de San Pedro de Cardeña. Ninguno ha llegado del año 1001. Mientras tanto Almanzor continúa con sus campañas. En el 1001 realizó dos mas. La campaña 54ª, contra Pamplona, que conquistó trayéndose miles de cautivas. Y la 55ª, la de Bab.s., que conquistó y destruyó. No existe seguridad de a qué topónimo se refiere habiéndose propuesto Baños de la Rioja, Baños de Río Tobía (ambas en La Rioja) o Bayas, en la actual Miranda de Ebro (Burgos).

En el año 1002 Almanzor llevó a cabo la que sería su última campaña. Así la relata el Dikr bilad al-Andalus:

La 56ª, la de B.t. ryus, en la que falleció. Partió de Córdoba, estando ya enfermo, el jueves seis de rayab del año 392 (21 de mayo de 1002) e hizo botín y cautivos, provocando también una gran matanza. Se agravó su enfermedad y emprendió regreso a Córdoba, pero murió en la frontera y allí fue enterrado, en la ciudad de Medinaceli, el 27 de ramadán de ese año (9 de agosto). Fue enterrado bajo el polvo que había recogido durante sus campañas, pues, cada vez que salía en expedición, sacudía todas las tardes sus ropas sobre un tapete de cuero e iba reuniendo todo el polvo que caía. Cuando murió lo cubrieron con ese polvo. Sobre su tumba se escribió:

Sus hazañas te informarán sobre él,

como si con tus propios ojos lo estuvieras viendo.

¡Por Dios!, nunca volverá a dar el Mundo nadie como él

ni defenderá las fronteras otro que se le pueda comparar.

Menos piadoso se muestra el Chronicon Burgense al anotar el hecho: «Era MXL, mortuus est Almanzor, et sepultus est in inferno».

La campaña parece que se dirigió contra Castilla tomando el mismo camino que el año 1000 le llevó hacia Cervera. Desde Clunia se dirigió hacia el norte, cruzó los montes de Cervera y una vez a orillas del río Arlanza, sigue el curso del río Pedroso (identificado con el topónimo B.t. ryus) hasta llegar a Barbadillo de Herreros y así cruzar la sierra de la Demanda. El objetivo final era Canales de la Sierra y el monasterio de San Millán de la Cogolla, ambos en La Rioja, bajo el dominio del reino de Pamplona. El monasterio, de tanto significado para castellanos y pamploneses, fue arrasado por completo.

La enfermedad que acabó con Almanzor fue una artritis gotosa y para nada fue la pena causada por su derrota en la famosa y legendaria batalla de Calatañazor, donde se decía que Almanzor perdió el tambor.